Kapsül ve Salgılar: Bazı bakteriler hücre duvarı dışında 0,2–10 mikron kalınlıkta viskoz bir tabaka ile örtülüdür. Sitoplazmik membran tarafından oluşturulan bu yapı ayrı bir tabaka halinde değilse mukus salgısından bahsedilir. Kapsül ise bir hücre veya hücre çiftini kuşatır. Bileşimi aynı cins hatta türde farklılık gösterebilir. Bazı bakterilerdeki kapsül polisakkarit yapıdadır. Örneğin Bacillus anthracis’de D-Glutamik asit birimlerinden oluşmuş bir proteindir. Bakterilerce oluşturulan polisakkarit salgılar bitkisel polisakkaritlere nazaran biyolojik parçalanmalara daha dayanıklıdırlar.
Kapsül, mikroorganizmaları patojen bakterilere karşı dirençli yapmaktadır. Kapsüller en basitçe negatif boyama ile ortaya konurlar. Kapsül, kapsülün içine girmeyen çini mürekkebi, Nigrosin-Kongo kırmızısı gibi maddelerle ışıklı mikroskopta ispatlanabilir. Kapsül koyu fonda açık görülmektedir. Kapsülün içindeki birçok madde salgı olarak hücrenin dışına verilmektedir. Bakteri süspansiyonunun homojenleştirme veya sallama ile hücre yüzeyinden ayırmak mümkündür, böylece besi ortamından salgı olarak kazanmak mümkün olur.
Kapsül ve mukus salgısı, metabolizma artık ürünlerinden olup bakteriyi kurumaya karşı korur. Kapsüldeki bazı litik enzimler (kolisin gibi) bakteriyi fajlardan da korur. Kapsüllü bakteriler agar plaklarında kaygan, parlak (smooth, S tipi) koloniler; kapsülsüzler ise düz, mat, pürüzlü (rough, R tipi), koloniler oluşturur.
Spor ve Kist: Bazı bakteriler besin maddelerinin azalması, kuruma, fazla metabolit birikmesi gibi durumlarda oval veya küresel dayanıklı formlar oluştururlar. Bunlara endospor denir. İlk defa Pasteur tarafından fark edilmiş, Prevot tarafından dirençlilikleri ortaya konmuştur. Vejetatif hücrelere nazaran aşırı sıcak veya soğuk, ozmotik basınç, kuruluk, çeşitli zehirli kimyasal maddelere daha dayanıklıdırlar. Sporları yüksek sıcaklığa dayanıklı kılan (kaynar suda bir saat veya daha uzun süre canlılıklarını sürdürebilirler) büyük miktarlarda kalsiyum dipikolinat içermeleridir. Bu madde sporun kuru ağırlığının %15’ini teşkil eder. Endosporların ultraviyoleye direnci de yüksek disülfit grupları içeren sistein aminoasidini vejetatif hücrelerden beş kat fazla içermelerinden kaynaklanır. Spor oluşturma bakterilerde üreme aracı değil savunma aracıdır. Spor oluşturan bakterilerden Bacillus ve Sporosarcina aerobik, Clostridium ve Desulfotomaculum anaerobiktir. Endospor oluşturan bakteriler genelde toprakta yaşamlarını sürdürürlerse de sporlara atmosfer dâhil hemen her yerde rastlanır. Endospor çapı hücre çapı ile aynı olabileceği gibi, ondan büyük olup hücre şeklini deforme edebilir. Hücre içindeki yerleşimi de merkezi (santral), uçsal (terminal) veya uca yakın bölgede (subterminal) olabilir ki bu özellikler türe bağlı olarak değişir. Basitçe faz kontrast mikroskobuyla ortaya konulan endosporlar alışılmış boyama teknikleriyle boyanamazlar. Gram boyama uygulaması sonucu boyanmamış cisimcikler halinde görülürler. Endospor olgunlaştığında genelde vejetatif hücre çeperi eriyerek kaybolur. Olgun spor açığa çıkar. Endosporda dış kılıf, korteks ve nükleer yapıyı içeren öz bölgesi olmak üzere üç tabaka gözlenir. Bazı bakterilerde bunlara ilaveten ekzosporium denilen tabaka daha bulunur. Ortama kalsiyum, magnezyum iyonlarının veya maya ekstresi, L-alanin, su-etanol karışımı gibi kimyasalların ilavesi, ısı şoku gibi bazı fiziksel faktörler spor çimlenmesini teşvik eder. Çimlenme başlangıcıyla birlikte endosporun ışık kırıcılığı ve ısıya direnci kaybolur. Normal işlemlerle boyanabilir bir yapıya dönüşürler. Önce korteks, daha sonra dış kılıf parçalanır ve vejetatif hücre açığa çıkar.
Azotobacter cinsine ait bakteriler kuraklığa dirençli kist oluşturma yeteneğine sahiptirler. Küresel şekilli bu yapılar, sıcaklığa vejetatif hücrelerden pek fazla dayanıklı değil iseler de kuraklığa dayanıklıdırlar. Uygun şartlarda tekrar çimlenerek uzunca ve hareketli hücreler oluştururlar.